1879 Bunnahabhain entstand als Brennerei der 1879 gegründeten “Islay Distillers Company Limited”. Hinter diesem Unternehmen standen James Ford und James Greenlees von den “Greenlees Brothers” (einem London-basierten Whisky-Händler) und William Robertson von “Robertson & Baxter Blending House” (einem in Glasgow beheimateten Whisky-Händler und Blender).
Nach zweijähriger Bauzeit, in der nicht nur die Brennerei-Gebäude selbst, sondern eine Straße, ein Pier und Häuser für die in der Destillerie beschäftigten Arbeiter errichtet werden mussten, konnte Bunnahabhain 1883 mit zwei Brennblasen in Betrieb gehen. 1887 dann taten sich die “Islay Distillers Co. Ltd.” mit “William Grant & Co.”, seinerzeit Inhaber der Glenrothes-Glenlivet Destillerie in Rothes, zusammen, woraus die “Highland Distilleries Co.” entstanden. Die neue Firma blieb “Robertson & Baxter” weiterhin eng verbunden. So teilte man sich in Glasgow Büro-Räume und “Robertson & Baxter” übernahmen den Vertrieb und die Akquise (u.a. neuer Destillerien) für die “Highland Distilleries Co.”.
1930 Nach vielen turbulenten Jahren, die mit der “Pattison Krise” Ende des 19. Jahrhunderts begannen, sich im 20. Jahrhundert mit dem ersten Weltkrieg fortsetzten und in der Prohibition der Vereinigten Staaten von Amerika schließlich ihren Höhepunkt fanden, musste auch Bunnahabhain von 1930 bis 1937 schließen.
19601963 folgte der nächste, für die Brennerei bedeutsame Einschnitt, denn im Zuge des Whisky-Booms der 1960er Jahre baute man eine neue, größere Straße, die Warenanlieferung und –abtransport, der bis dahin zu weiten Teilen über den Seeweg erfolgt war, deutlich vereinfachte. Zudem erhöhte man die Anzahl Brennblasen von zwei auf vier und legte gleichzeitig die eigene Tennenmälzerei still.
19791979 dann erschien mit dem 12-jährigen Bunnahabain das erste Mal überhaupt eine Single Malt-Abfüllung der Brennerei. Das Meiste der Produktion ging nach wie vor in die verschiedenen “R & B” Blends wie “The Famous Grouse” und “Cutty Sark”.
80/90Der Boom währte nicht lange weswegen Bunnahabhain 1982 schließen musste. Zwei Jahre später 1984 konnte Bunnahabhain aber wieder in Betrieb genommen werden, allerdings liefen die Brennblasen lediglich sporadisch. Die “Highland Distillers Ltd.” – wie man sich ab 1998 nannte – entwickelte sich in den 1980er und 1990er Jahren zu einem der größten Destilleriebetreiber und Whisky Blender der Branche. 1999 wurde das Unternehmen Teil der “Edrington Group Ltd.”, die 1961 von Robertsons drei Töchtern als Nachfolge-Unternehmen der “Robertson & Baxter Ltd.” gegründet worden war.
20132003 verkaufte die “Edrington Group” Bunnahabhain und den “Black Bottle Whisky Blend” an “Burn Stewart Distillers”, die wiederum seit 2013 zur südafrikanischen „Distell Group“ gehören.